Одна из основных задач национального парка - сохранение природных комплексов.В обязанности сотрудников отдела охраны (госинспекторов по охране территории) входит: борьба с браконьерством, сбор первичной научной информации, учёты животных (зимний маршрутный учёт млекопитающих, учёт околоводных животных и др.), сопровождение и работа с посетителями.

Главным государственным инспектором по охране территории является директор национального парка.
Государственные инспекторы по охране территории наделены следующими полномочиями:
- привлекать нарушителей правил охраны и использования природной среды и природных ресурсов к административной и иной ответственности;
- задерживать лиц, нарушивших законодательство РФ об особо охраняемых природных территориях (ООПТ), на территории национального парка, его охранной зоны и доставлять их в правоохранительные органы;
- прекращать любую хозяйственную деятельность, противоречащую режиму ООПТ;

- изымать у нарушителей продукцию и орудия незаконного природопользования, транспортные средства и др.;
- производить в установленном порядке досмотр транспортных средств, вещей, а также личный досмотр;
- другими правами в  соответствии с законодательством РФ.
Государственные инспекторы по охране территории при исполнении служебных обязанностей имеют право носить и применять в установленном порядке огнестрельное оружие и специальные средства.За нарушение природоохранного законодательства на особо охраняемых природных территориях предусмотрена административная ответственность в соответствии со ст. 8.39 КоАП РФ, а также уголовная ответственность в соответствии со ст. 256, 258, 260, 261, 262 УК РФ. В случаях нанесения вреда природным комплексам и объектам незаконной добычей животных, уничтожением растений нарушитель обязан возместить ущерб в порядке гражданско-правовой ответственности.
На территории национального парка наиболее частым видом нарушения является незаконный проезд автотранспорта и стоянка автомобилей вне дорог общего пользования. Ежегодно выявляются единичные случаи самовольной порубки, незаконного рыболовства и охоты. В основном жертвами браконьеров становятся копытные животные (пятнистый олень, кабан). В большинстве случаев личности нарушителей удается установить. При задержании нарушителей у них изымается оружие, а также различные орудия браконьерского лова.

Функциональное зонирование:

Заповедная зона
Заповедная зона выделяется с целью сохранения и изучения природных комплексов со всей совокупностью их компонентов в условиях естественного течения природных процессов и явлений. В пределах заповедной зоны запрещена любая хозяйственная деятельность и рекреационное использование территории.
В заповедной зоне разрешается научно-исследовательская деятельность без нарушения целостности природных объектов и комплексов, ведение экологического мониторинга, проведение природоохранных, биотехнических и противопожарных мероприятий, лесоустройство и проведение землеустроительных работ.
Пребывание на территории заповедной зоны граждан, не являющихся работниками Учреждения или должностными лицами Минприроды России и Росприроднадзора, допускается только при наличии у них разрешений Учреждения или Минприроды России.

Особо охраняемая зона
В особо охраняемой зоне допускается: ведение экологического мониторинга; проведение научно-исследовательской и эколого-просветительской деятельности;проведение экскурсий на участках, специально определенных Учреждением; проведение выборочных санитарных рубок и рубок ухода в молодняках; проведение природоохранных и биотехнических мероприятий, землеустройства и лесоустройства.
На специально выделенных Учреждением участках допускается организация и обустройство экскурсионных экологических троп и маршрутов; спортивное и любительское рыболовство;

Хозяйственная зона

Рекреационная зона
Рекреационная зона предназначена для обеспечения и осуществления рекреационной деятельности, физической культуры и спорта, включая размещение объектов туристической индустрии, музеев и информационных центров.
В рекреационной зоне могут проводиться работы по комплексному благоустройству территории рекреационного использования: строительство объектов рекреационной инфраструктуры, обустройство экологических троп, смотровых площадок, мест отдыха, стоянок, причалов, пляжей, спусков к воде, строительство и реконструкция дорог и т.п.
Подробнее о функциональном зонировании см. Устав и Положение о национальном парке.